Com a finalização dos últimos jogos da 1ª fase, a Confederação Brasileira de Futebol (CBF) divulgou a tabela da segunda fase da Copa do Brasil de 2021. Os três representantes do futebol baiano jogarão no dia 7 de abril, uma quarta-feira. Vale lembrar que nesta fase será novamente jogo único, porém, agora em caso de empate, a decisão vai para a disputa por pênaltis. O Bahia enfrenta o Manaus, às 21h30, no Estádio Metropolitano de Pituaçu. Já o Vitória encara o Rio Branco (ES), às 19 horas, no Estádio do Barradão, em Salvador. A Juazeirense, por sua vez, duela com o Volta Redonda, às 16h, no Estádio Adauto Moraes, em Juazeiro.
Na primeira fase, o Bahia despachou o Campinense, goleando por 7 a 1, em Campina Grande. O Vitória venceu por 1 a 0 o Águia Negra, em Rio Brilhante (MS). A Juazeirense eliminou o Sport-PE, vencendo por 3 a 2 no Estádio Adauto Moraes, em duelo marcado por polêmicas.
Na segunda fase, os 40 clubes serão distribuídos em 20 confrontos com jogo único. A partir da 3ª fase, começam os jogos de ida e volta. Este ano com uma novidade: os clubes que antes seguiam direto para as oitavas de final, agora participarão da 3ª Fase. Nesta nova edição da Copa do Brasil, o torneio ganhou uma mudança importante no formato de disputa e terá uma fase a menos. Com isso, o grupo de clubes da Libertadores e campeões da Série B, Copa do Nordeste e Copa Verde, que entrava a partir das oitavas de final, agora ingressará na 3ª fase, juntando-se a outras 20 equipes no torneio. São eles: Atlético Mineiro, Internacional, Flamengo, Palmeiras, São Paulo, Fluminense, Grêmio, Santos (Libertadores), Chapecoense (campeão da Série B), Ceará (campeão da Copa do Nordeste), Brasiliense (campeão da Copa Verde) e Athletico Paranaense (9º colocado no Brasileiro)