Em 2012, neste mesmo período de pré-temporada, o meia Jéferson vinha treinando no time titular do Bahia e se preparava para fazer sua estreia no Esquadrão de Aço, quando durante um coletivo no Fazendão, acabou rompendo o ligamento cruzado do joelho esquerdo.
Foram meses de sessões de fisioterapia e musculação, que comprometeram oito meses do ano de 2012.
Ainda com receio de chutar e se readaptando ao gramado, Jéferson disputou alguns jogos pelo Bahia B na Taça Estado e entrou durante as partidas contra o Atlético-GO e Grêmio-RS, pela Série A.
O ano de 2012 acabou, as férias vieram, mas Jéferson decidiu treinar para ganhar mais confiança e condicionamento físico, antes de se reapresentar. ” Treinei três vezes por semana em uma academia, com meu irmão, que é educador físico. Eu queria chegar aqui sem nenhum tipo de problema. Estou mais confiante”, confidenciou o meia.