O Esporte Clube Bahia vai para a sua oitava participação na Copa Sul-Americana, o quarto ano seguido disputando o torneio, que pela primeira vez terá a fase de grupos, como na Copa Libertadores. Porém, diferentemente, apenas o primeiro colocado se classifica, e não os dois melhores de cada chave com quatro equipes. A Sul-Americana surgiu em 2002 para substituir as copas Mercosul e Merconorte. O Esquadrão já disputou 30 jogos no total na Copa Sul-Americana, enfrentando adversários como São Paulo (2012), Portuguesa e Atlético Nacional (2013), Internacional e Univ. César Vallejo (2014), Sport-PE (2015), Blooming, Cerro Porteño, Botafogo e Athletico-PR (2018), Liverpool-URU (2019), Nacional-PAR, Melgar, Unión Santa Fé e Defensa y Justicia (2020). As melhores campanhas do Esquadrão foram nas edições de 2018 e 2020, chegando nas quartas de final, e sendo eliminado por Athletico-PR e Defensa y Justicia, respectivamente.
Na sua primeira participação na Copa Sul-Americana, em 2012, o Bahia foi eliminado pelo São Paulo, perdendo os dois jogos por 2 a 0. Naquele ano, o time paulista chegou à decisão e sagrou-se campeão em cima do Tigre-ARG. Em 2013, o Esquadrão eliminou a Portuguesa vencendo por 2 a 1 na ida e empatando sem gols na volta, mas na fase seguinte, acabou eliminado pelo Atlético Nacional nos pênaltis (4×3). No tempo normal, triunfo e derrota por 1 a 0. Em 2014, o Tricolor passou pela fase de confrontos entre brasileiros, despachando o Internacional, vencendo por 2 a 0 e empatando por 1 a 1, mas novamente nas oitavas acabou dando adeus nos pênaltis, agora diante do Universidad César Vallejo, do Peru. Venceu e perdeu por 2 a 0, e nas penalidades tomou 7 a 6. Em 2015, o Bahia não passou da fase de confrontos brasileiros, saindo diante do Sport. Venceu por 1 a 0 e perdeu por 4 a 1. Em 2016 e 2017, não garantiu vaga para o torneio.
De volta em 2018, o Bahia estreou perdendo para o Blooming, por 1 a 0, na Bolívia, mas na Fonte Nova, aplicou 4 a 0, com gols de Zé Rafael (2x), Elton e Júnior Brumado, avançando para enfrentar o Cerro, do Uruguai. Desta vez, o primeiro jogo foi em Salvador e o Esquadrão venceu por 2 a 0, com gols de Gilberto e Régis. No Uruguai, mesmo atuando com 10 jogadores pela expulsão de Nilton, arrancou um empate em 1 a 1. Zé Rafael deixou sua marca. Nas oitavas de final, o Bahia despachou o Botafogo nos pênaltis, após vencer por 2 a 1 na ida e perder mesmo pelo placar na volta. A eliminação veio nas quartas de final, para o Athletico-PR, em confronto marcado por polêmicas do árbitro de vídeo.
No primeiro jogo, na Fonte Nova, o Esquadrão teve dois gols anulados pelo VAR e perdeu por 1 a 0. Na volta, venceu por 1 a 0 na Arena da Baixada quebrando uma longa invencibilidade de time paranaense como mandante, porém, o tricolor baiano perdeu a vaga através das cobranças das penalidades. O Furacão avançou na competição, na sequência, despachou o Fluminense e por fim conquistou o título vencendo os colombianos do Junior de Barranquilla, na Colômbia, também nos pênaltis após empatar em Barranquilla e em Curitiba, ambos pelo placar de 1 x 1.
Na edição 2019, o Bahia foi eliminado na primeira fase ao ser derrotado pelo Liverpool do Uruguai, na época comandado pelo técnico Enderson Moreira, sendo derrotado em plena Arena Fonte Nova pelo placar de 1 x 0 e apenas empatando em 0 x 0 no segundo jogo realizado no Estádio Luis Franzini, em Montevidéu, no Uruguai.
Em 2020, o Bahia começou avassalador, obtendo o segundo melhor aproveitamento da primeira fase ao despachar o Nacional-PAR vencendo por 3 a 0 em Salvador e 3 a 1 no Paraguai. Na segunda fase, perdeu o jogo de ida para o Melgar-PER, por 1 a 0, mas na volta não teve trabalho para golear por 4 a 0 na Fonte Nova e avançar às oitavas de final para enfrentar o Unión Santa Fé, da Argentina. Após vencer por 1 a 0 nos primeiros 90 minutos, o Esquadrão segurou um empate sem gols na Argentina, se tornando o único brasileiro entre os oito melhores times do torneio. Porém, assim como em 2018, o Tricolor foi eliminado nas quartas de final. Na ida, perdeu por 3 a 2 para o Defensa y Justicia, na Fonte Nova, e na casa do adversário foi novamente derrotado por 1 a 0. O Defensa chegou na decisão e conquistou o título vencendo o Lanús na final por 3 a 0.