A Copa do Brasil surgiu em 1989, inicialmente disputada por 32 clubes, passando para 40 em 1996, crescendo até chegar em 69 no ano de 2000, vindo a se estabilizar em 64 após 2001, número que se manteve até 2012, disputada pelos 26 estados brasileiros e pelo Distrito Federal. A partir de 2013, passou a ser disputada por 86 equipes, seis delas já classificadas para as oitavas de final. Entre 2017 e 2020 foi disputada por 91 equipes, onze destas já classificadas para as oitavas de final. A partir de 2021, será disputada por 92 equipes, porém, com uma mudança. Os clubes que entraram nas oitavas de final, agora ingressam na 3ª fase. Das 33 edições (contando a atual que começa nesta terça-feira), o Esporte Clube Bahia só ficou de fora em três edições (1991, 1993 e 2004).
O Bahia foi eliminado cinco vezes na primeira fase (1997, 2005, 2006, 2008 e 2020), sendo três delas para times muito inferiores, como Ceilândia, Icasa e na última edição para o River-PI perdendo por 1 a 0. Em 97, derrotou o América-MG em uma fase preliminar antes de cair para o Coritiba, já na disputa regular do torneio. O Esquadrão chegou seis vezes nas quartas de final (1989, 1990, 1999, 2002, 2018 e 2019), mas nunca conseguiu passar. Curiosamente, das seis eliminações nas quartas, três foram para o Grêmio (1989, 2012 e 2019).
Participações do Bahia na Copa do Brasil
Ano Até onde foi – Time responsável pela eliminação
1989 Quartas de final – Grêmio
1990 Quartas de final – Flamengo
1991 Não participou
1992 Oitavas de final – Atlético-PR
1993 Não participou
1994 Oitavas de final – Internacional
1995 Oitavas de final – Cruzeiro
1996 Segunda fase – Coritiba
1997 Primeira fase (após passar da fase preliminar) – Coritiba
1998 Oitavas de final – Santos
1999 Quartas de final – Juventude
2000 Oitavas de final – Flamengo
2001 Oitavas de final – Fortaleza
2002 Quartas de final – Atlético-MG
2003 Oitavas de final – Vasco
2004 Não participou
2005 Primeira fase – Grêmio
2006 Primeira fase – Ceilândia
2007 Oitavas de final – Fluminense
2008 Primeira fase – Icasa
2009 Segunda fase – Coritiba
2010 Segunda fase – Atlético-GO
2011 Oitavas de final – Atlético-PR
2012 Quartas de final – Grêmio
2013 Segunda fase – Luverdense
2014 Terceira fase – Corinthians
2015 Terceira fase – Paysandu
2016 Segunda fase – América-MG
2017 Segunda fase – Paraná
2018 Quartas de final – Palmeiras
2019 Quartas de final – Grêmio
2020 Primeira fase – River-PI