Contratado sem badalação vindo do rebaixado Macaé, o volante Juninho ganhou notoriedade no Esporte Clube Bahia, onde ficou entre 2016 e 2017, se destacando pelos chutes potentes de fora da área, sendo titular e peça importante na campanha de acesso à Série A em 2016. No ano seguinte, perdeu espaço e passou a atuar mais saindo do banco, o que gerou a insatisfação do jogador. Com isso, foi emprestado ao Ceará em 2018, ficando no Vozão até abril deste ano quando pediu para rescindir o contrato pela falta de oportunidade com Enderson Moreira. Deixou o Vovô e foi emprestado ao Fortaleza do técnico Roger Ceni. Em pouco tempo, se firmou como titular e vem se destacando, inclusive, liderando estatísticas no Campeonato Brasileiro.
Em 33 jogos, Juninho entrou em campo 28 vezes, 25 delas atuando os 90 minutos. Com seis assistências e três gols, o jogador é o segundo colocado na soma desses quesitos entre os volantes do Brasileirão, estando atrás apenas de Bruno Henrique, do Palmeiras, que tem nove gols e uma assistência no certame, segundo levantamento do site Footstats.
Considerando apenas as assistências, Juninho é o líder dos volantes no torneio, com seis, juntamente com Ricardinho, do Ceará, e Willian Arão, do Flamengo. Ele também é o atleta da posição com mais assistências para finalização (47), cruzamentos certos (48) e finalizações realizadas (50). Juninho também é o líder geral em viradas de bola, com 32, sendo 29 delas corretas.
Na Série A de 2018, quando Juninho atuava pelo Ceará, seus números foram bastante discretos. Em 16 jogos, o atleta marcou apenas um gol e não deu nenhuma assistência. Também foram 16 assistências para finalização, cinco cruzamentos certos de 38 tentados e 27 finalizações realizadas, números bem abaixo dos da atual temporada.
Juninho está emprestado pelo Bahia ao Fortaleza até 31 de dezembro de 2019, quando se encerra seu vínculo com o Esquadrão de Aço, ou seja, a partir dessa data ele passará a ser jogador do Fortaleza que já tem um pré-contrato assinado com o jogador. “Desde que cheguei aqui, sempre fui muito bem tratado, tanto pela diretoria quanto pela comissão técnica, pela torcida, e eu acho que a nossa atitude não pode ser diferente do que essa: entrega dentro de campo”, disse o atleta.