Vice-campeão baiano de 2020 dando um enorme trabalho ao Esporte Clube Bahia nas finais, o Atlético de Alagoinhas entrou na Série D do Campeonato Brasileiro com uma forte crise financeira, que ainda atrapalha o clube, agravada pela pandemia do coronavírus. Mesmo assim, o Carcará fez uma brilhante campanha na primeira fase da quarta divisão, se classificando como terceiro lugar do Grupo 6 de forma antecipada. Porém, na segunda fase, o time baiano acabou sendo eliminado pelo Goiânia, empatando no Carneirão por 1 a 1 e perdendo em Goiânia por 3 a 2 de virada. Apesar da eliminação, a temporada ainda não acabou para o Atlético-BA.
Fora da Série D, o Atlético de Alagoinhas vira totalmente as suas atenções para a fase preliminar da Copa do Nordeste. Na próxima quarta-feira, dia 16, às 19h30, o Carcará enfrenta o Botafogo-PB no Estádio Antônio Carneiro, pelo jogo de ida valendo vaga na fase de grupos do Nordestão 2021. A partida de volta está marcada para o dia 22 do mesmo mês, uma terça, às 21h30, no Estádio Almeidão, em João Pessoa, na Paraíba. Os dois times se enfrentaram esse ano pela primeira fase da Copa do Brasil e empataram sem gols, com o time paraibano ficando com a vaga
O Atlético de Alagoinhas se classificou para a pré-Copa do Nordeste por ter sido vice-campeão baiano. Bahia e Vitória já estão garantidos na fase de grupos da competição.