Nascido em Feira de Santana (BA), Jorge Wagner Goes Conceição surgiu nas categorias de base do Esporte Clube Bahia e não demorou para ser promovido e se firmar no time principal. Conquistou dois títulos baianos (1998 e 1999) e foi negociado com o Cruzeiro em 2001. Deixou o Brasil em 2003 para defender o Lokomotiv da Rússia, mas no ano seguinte retornou emprestado ao Corinthians. Em 2005, o clube russo acertou sua transferência para o Internacional, onde ficou dois anos e fez parte do time campeão da Libertadores em 2006. Foi vendido ao Real Betis, da Espanha, mas também não vingou no futebol espanhol e em novo retorno ao futebol brasileiro, acertou com o São Paulo. Foram quatro temporadas no Morumbi e com grande destaque, sendo bicampeão brasileiro (2007 e 2008).
Após 210 jogos pelo São Paulo e 22 gols marcados, se transferiu para o futebol japonês onde atuou pelo Kashiwa Reysol e Kashima Antlers. Sempre afirmou que tinha o desejo de voltar a vestir a camisa do Esporte Clube Bahia e algumas vezes teve seu nome especulado no Esquadrão, mas na volta ao Brasil em 2014, aceitou a proposta do Botafogo. Fez 21 jogos e anotou 3 gols pelo Fogão. Em 2015, desembarcou na capital baiana, mas não para defender o Bahia, mas sim o arquirrival, Esporte Clube Vitória. No Leão, fez parte do time que conquistou o acesso à Série A, mas deixou o clube ao final do ano, com 38 jogos e 3 gols anotados. Passou 2016 longe dos gramados, mas em 2017 foi anunciado pelo Fluminense de Feira, sendo seu último clube, disputando o Campeonato Baiano, entrando em campo 11 vezes e marcando 2 gols.
Nesta sexta-feira, em participação ao quadro Minha História, do Globo Esporte Bahia, Jorge Wagner falou sobre os clubes por onde passou, começando pelo Bahia onde foi revelado, os títulos mais importantes, inclusive os dois brasileiros pelo São Paulo, os melhores treinadores e também destacou seu retorno ao futebol baiano em 2015, para vestir a camisa do Vitória, num momento difícil, com a gravidez complicada da esposa e precisando ficar perto da família e dos amigos. “Sou muito grato ao Vitória e pelas pessoas que estiveram no clube em 2015. O clube abriu as portas para o seu retorno à Salvador”.